Peneliti menemukan biomarker baru, RNAPII, yang mengindikasikan agresivitas kanker otak dan payudara. Metode baru menggunakan teknologi CUTAC untuk menganalisis sampel FFPE yang terdegradasi. Hasil menunjukkan ekspresi gen histon lebih tinggi pada tumor, yang dapat memprediksi kekambuhan dan agresivitas.
Peneliti dari Fred Hutch Cancer Center dan The University of Texas MD Anderson Cancer Center telah menemukan biomarker baru yang dapat memprediksi hasil tumor otak meningioma dan kanker payudara. Dalam penelitian yang diterbitkan di jurnal Science, mereka menemukan bahwa kadar enzim RNA Polymerase II (RNAPII) pada gene histon berkaitan dengan agresivitas tumor dan kemungkinan kekambuhan. Kadar RNAPII yang sangat tinggi menunjukkan proliferasi sel kanker yang berlebihan dan bisa berkontribusi pada perubahan kromosom.
Metode baru ini menggabungkan teknologi eksperimental dan metode komputasi untuk mengeksplorasi biopsi dari berbagai jenis kanker. Penelitian ini menggunakan profil teknologi yang baru dikembangkan untuk menganalisis sampel jaringan yang disimpan lama. Teknologi ini, yang disebut Cleavage Under Targeted Accessible Chromatin (CUTAC), memungkinkan peneliti untuk mempelajari ekspresi gen dengan lebih baik, bahkan pada sampel formalin-fiksasi, parafin-embedded (FFPE) yang telah terdegradasi seiring waktu.
Dalam penelitian ini, penggunaan teknologi CUTAC menunjukkan bahwa ekspresi gen histon lebih tinggi secara signifikan pada sampel tumor dibandingkan jaringan normal. Protein histon berfungsi memberi dukungan struktural pada DNA, namun ekspresi gen ini umumnya kurang terdeteksi karena metodologi RNA sequencing yang ada.
Para peneliti menguji hipotesis bahwa meningkatnya proliferasi sel kanker menyebabkan ekspresi histon yang sangat meningkat. Mereka menggunakan profil CUTAC untuk memetakan RNAPII dalam 36 sampel FFPE dari pasien dengan meningioma dan membandingkannya dengan hampir 1.300 data klinis publik. Hasilnya menunjukkan bahwa sinyal RNAPII pada histon dengan akurat dapat membedakan antara sampel kanker dan normal serta memprediksi agresivitas kanker.
“Teknik yang kami kembangkan untuk memeriksa sampel tumor yang terpelihara sekarang mengungkapkan mekanisme agresivitas kanker yang sebelumnya terabaikan,” kata Steven Henikoff, salah satu peneliti. Penelitian ini ditujukan untuk validasi lebih lanjut pada sampel FFPE dari berbagai jenis kanker untuk pengujian potensi mereka dalam diagnosis dan terapi kanker.
Penelitian ini berhasil menemukan biomarker baru dengan potensi sebagai alat diagnosis dan prognostik kanker. Teknologi CUTAC memungkinkan analisis ekspresi gen yang lebih baik, terutama pada sampel FFPE yang telah terdegradasi. Hasilnya menunjukkan bahwa ekspresi RNAPII yang tinggi dapat digunakan untuk memprediksi agresivitas tumor, membuka jalan untuk inovasi dalam pengobatan kanker yang lebih presisi.
Sumber Asli: www.newswise.com
